Kementerian Agama menerbitkan panduan pembelajaran bagi pesantren dan pendidikan keagamaan yang menjadi bagian tidak terpisahkan dari surat keputusan bersama Mendikbud, Menag, Menkes, dan Mendagri tentang Panduan Penyelenggaraan Pembelajaran Pada Tahun Ajaran Dan Tahun Akademik Baru Di Masa Pandemi Coronavirus Disease (Covid-19).

Panduan yang meliputi pendidikan keagamaan tidak berasrama, serta pesantren dan pendidikan keagamaan berasrama salah satunya kegiatan pendidikan keagamaan Islam yang diselenggarakan secara berasrama, ada yang dalam bentuk MDT dan LPQ.

Terdapat empat ketentuan utama yang berlaku dalam pembelajaran di masa pandemic yaitu :

1. Membentuk gugus tugas percepatan penanganan Covid-19;
2. Memiliki fasilitas yang memenuhi protokol kesehatan;
3. Aman Covid-19, dibuktikan dengan surat keterangan dari gugus tugas percepatan penanganan Covid-19 atau pemerintah daerah setempat;
4. Pimpinan, pengelola, pendidik, dan peserta didik dalam kondisi sehat, dibuktikan dengan surat keterangan sehat dari fasilitas pelayanan kesehatan setempat.

Sejumlah pesantren dan pendidikan keagamaan yang sudah menyelenggarakan pembelajaran tatap muka diharapkan menerapkan panduan kesehatan dengan berkoordinasi dengan gugus tugas percepatan penanganan Covid-19 daerah dan fasilitas pelayanan kesehatan atau dinas kesehatan setempat. Koordinasi dimaksudkan untuk memeriksa kondisi kesehatan peserta didik aman dari Covid-19.

Para pimpinan pesantren dan pendidikan keagamaan menginstruksikan kepada peserta didik untuk taat kepada protokol kesehatan sejak berangkat dari rumah. Protokol tersebut antara lain: memakai masker, jaga jarak selama di kendaraan, cuci tangan pakai sabun (CTPS) dengan air mengalir setibanya di asrama, tidak berkerumun, dan menunggu di tempat yang telah ditentukan, dan/atau tidak masuk asrama sebelum diperiksa kesehatan dan diperintahkan masuk bahkan bebrapa mensyaratkan pemeriksaan kesehatan rapid / pcr test sebelum masuk ke asrama / pesantren. Peserta didik juga harus membawa perlengkapan dan peralatan yang dibutuhkan dari rumah agar tidak dipergunakan secara bersama-sama. 

Untuk pesantren dan pendidikan keagamaan yang belum akan menyelenggarakan pembelajaran tatap muka diatur sejumlah ketentuan sebagai berikut: 

1. Pimpinan pesantren dan pendidikan keagamaan mengupayakan seoptimal mungkin untuk melaksanakan pembelajaran secara daring.
2. Memberi petunjuk kepada peserta didik yang ada di rumah untuk:
   1. Menjaga kesehatan sebaik-baiknya dengan menaati semua protokol kesehatan yang ditentukan; dan
   2. Menyiapkan perlengkapan dan peralatan yang dibutuhkan saat pembelajaran tatap muka akan dimulai,
   3. Berkoordinasi dengan gugus tugas percepatan penanganan Covid-19 daerah dan dinas kesehatan setempat untuk memastikan bahwa keadaan asrama memenuhi standar protokol kesehatan. Bila tidak memenuhi, segera dilakukan upaya pemenuhan standar protokol kesehatan sesuai petunjuk gugus tugas percepatan penanganan Covid-19 daerah dan dinas kesehatan setempat, serta tetap melaksanakan belajar di rumah.
   4. Jika pimpinan pesantren dan pendidikan keagamaan akan memulai pelaksanaan pembelajaran tatap muka, maka harus memenuhi ketentuan yang terkait penerapan protokol kesehatan.

Sumber : https://kemenag.go.id/berita/read/513537/ini-panduan-penyelenggaraan-pembelajaran-pesantren-dan-pendidikan-keagamaan-di-masa-pandemi